باکتری‌ها، میکروارگانیسم ها، ویروس‌ها و سایر آلاینده‌های موجود در آب استخر شما می توانند شناگران را آلوده کنند اگر استخر را به درستی ضدعفونی نکنید. لازم به ذکر است که کریپتو، ای. کولی، ژیاردیا و کریپتوسپوریدیوم در برابر کلر بسیار مقاوم است و معمولاً باعث اسهال، مشکلات گوارشی و بیماری های دیگر در شناگران می شوند. سودوموناس به عنوان عامل ایجاد بثورات وان آب داغ و گوش شناگران شناخته می‌شود و مانند کریپتو، در صورت پایین بودن سطح کلر، می‌تواند در آب کلردار زنده بماند. این باکتری می‌تواند نوع نسبتاً جدی ذات‌الریه را به همراه تب پونتیاک که کمتر جدی است، ایجاد کند. تنگی نفس، تب، درد عضلانی و سرفه از علائم معمول این عفونت باکتریایی هستند.
روش مقابله با آلودگی های میکروبی استخر شنا
کلر کافی را به آب استخر اضافه کنید تا به ۱۰ میلی گرم در لیتر کلر آزاد باقیمانده برسید. به عنوان مثال، ۲۰۰ میلی لیتر هیپوکلریت سدیم مایع (۱۲.۵٪ کلر موجود) یا ۳۰ گرم هیپوکلریت کلسیم دانه‌ای به ازای هر ۱۰۰۰ لیتر آب اضافه کنید.
۱۰ میلی‌گرم در لیتر کلر آزاد باقیمانده را حداقل به مدت یک ساعت حفظ کنید. پمپ و فیلتر را در تمام مدت زمان دوز شوک روشن نگه دارید. تا زمانی که کلر آزاد باقیمانده به ۴ میلی گرم در لیتر نرسد، از استخر استفاده نکنید. یکی از روش‌های کلرزنی استخر، استفاده از قرص کلر است که بطور مداوم دوز مشخصی از کلر را وارد آب استخر می کند.
اگر شخصی در خانواده شما به عفونت کریپتوسپوریدیوم مبتلا شده است، نباید دو هفته پس از قطع تمام علائم از استخر استفاده کند. اگر فرد آلوده‌ا ی در طول دوره عفونت از استخر شما استفاده کرده است، باید استخر را ضدعفونی کنید تا از شیوع عفونت به دیگران جلوگیری شود.
پمپ و فیلتر را در تمام مدت ضدعفونی روشن کنید. پس از اتمام فرآیند ضدعفونی، فیلتر را کاملاً بشویید. گاهی نیاز به رها کردن استخر برای یک یا دو روز بدون استفاده است.